1、磁盤分區容量區別
NTFS可以支持的分區(如果采用動態磁盤則稱為卷)大小可以達到2TB（2048GB）,而Windows 2000中的FAT32支持分區的大小最大為32GB
2、單個文件容量區別
FAT32在實際運行中不支持單個文件大于4GB的文件，一旦超過容量限制那么系統就會提示磁盤空間不足。
NTFS就目前來說已經突破了單個文件4GB的容量限制，目前來說似乎沒容量限制，只要硬盤空間容量有多大，那么就NTFS就可以分到多大。
因為現在的很多應用程序以及游戲大作都超過了4GB容量，因此用戶必須將大程序安裝的磁盤改成NTFS格式。
3、安全方面區別
可以針對電腦用戶對該格式下所有的文件夾、文件進行加密、修改、運行、讀取目錄及寫入權限的設置。此外，在磁盤分區下任意文件夾或文件上右鍵屬性，在高級屬性窗口中勾選中加密內容以便保護數據即可做到加密。
FAT32文件安全設置：不支持；NTFS文件安全設置：支持
4、磁盤配額的區別
在一臺電腦有多個用戶使用時，而作為系統管理員，可以給用戶設置不同的磁盤空間容量，被設置用戶只能使用這個被限額的磁盤空間。
如：管理員設置用戶A的D盤磁盤配額為1GB，那么用戶A在使用電腦時，E盤他只能用1GB的空間，多的用不了。
FAT32磁盤配額：不支持；NTFS磁盤配額：支持
5、磁盤利用率區別：
在Windows2000的FAT32文件系統的情況下,分區大小在2GB～8GB時簇的大小為4KB；分區大小在8GB～16GB時簇的大小為8KB；分區大小在 16GB～32GB時,簇的大小則達到了16KB。
而Win 2000的NTFS文件系統，當分區的大小在2GB以下時,簇的大小都比相應的FAT32簇小;當分區的大小在2GB以上時(2GB～2TB),簇的大小都為4KB。
相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盤空間，最大限度地避免了磁盤空間的浪費。
6、系統文件壓縮的區別
在磁盤分區中任意文件中右鍵屬性，我們在高級屬性窗口中可以設置給單個文件或整個文件夾壓縮，壓縮之后可以一定程度上節省占用磁盤空間的容量大小。而且當對文件進行讀取時，文件將自動進行解壓縮；文件關閉或保存時會自定對文件進行壓縮。
FAT32系統文件壓縮：不支持；NTFS系統文件壓縮：支持
圖二：fat32格式
7、磁盤碎片方面的區別
從FAT16的文件系統格式，到之后的FAT32然后再到現在的NTFS文件系統格式，我們就會發現從磁盤分區的格式不同，那么所產品的磁盤碎片也是越來越小。
FAT32磁盤碎片：產生的磁盤碎片一般；NTFS磁盤碎片：產生的磁盤碎片較少
8.、現實應用中區別
NTFS目前多用于電腦、移動硬盤等各種大中型空間容量的磁盤。
FAT32卻多用于U盤、內存卡等小型磁盤。
總結：NTFS文件系統與FAT32文件系統相比，功能更強大，適合更大的磁盤及分區，且磁盤利用率還很高，安全性與穩定性也要好很多的，想較FAT32是更為完善和靈活的文件系統。所以目前來說NTFS格式是首選了。
畢竟Win7系統已經不再支持FAT32格式了。