ChromasDNA序列讀圖軟件

Chromas是一款DNA序列分析讀圖軟件，使用這款軟件可以幫助我們打開ab1、scf、ztr格式的圖譜文件，支持自動刪除低質量序列和矢量序列，軟件還支持將圖譜進行格式轉換，從而方便使用其它軟件打開。

使用方法

1、選擇File菜單打開一個序列文件，或者直接通過Open打開。

2、一般測序中一個反應大概能測的長度為800左右，由于熒光染料的干擾和機器性能，測序結果在最開始和最后面的時候有幾十個堿基不準確，如下圖中紅框的部分。評判測序結果的時候可以忽略前50個和后50個堿基。

3、我們通過工具欄的縮放工具，可以放大或者縮小整個視圖：

通過上圖可以看出，不同堿基對應不同的顏色。

4、通過工具欄的“Find‘工具，可以查找某個序列：

5、通過“File”菜單欄的Blast Search可以直接連接在線數據庫，將序列進行Blast，省去了我們打開NCBI等數據庫然后復制序列再比對的麻煩：

點擊OK之后出現如下界面，然后點擊“View report”即可。

6、Chromas還自帶序列翻譯蛋白質功能，點擊“Options-》Show Translations-》All”顯示三條蛋白質翻譯序列。這里之所以顯示三條，是因為Chromas不知道你的序列翻譯的起始位點，所以如果你的序列是cDNA序列，那么這三條蛋白質序列中總有一條是你想要的，這在我們做蛋白質點突變的時候非常有用。當然如果你的是啟動子等其他序列，這個功能是多余的。

7、我們可以將序列導出，并且可以設置導出的間隔、分行、以及是否顯示序號，下面的設置中代表每60個堿基一行。

8、當然可能會有同學想說，如果我想把測序峰圖放在文章中，我該怎么弄？Chromas沒有存儲為圖片的選項，這時可能有同學就想用截圖了，這里Chromas可以存儲為PDF格式，在“File”里面選擇Print 預覽，然后選擇PDF即可。

導出來之后就得到PDF格式的峰圖了，這是矢量圖，可以無限放大。然后通過Photoshop做出所需要的圖片。

功能

1、從Applied Biosystems DNA測序儀打開.ab1色譜圖文件。
2、開啟由別的序列產生器建立或從數據庫查詢查找的SCF和ZTR格式色譜圖文檔。
3、儲存為.scf或AppliedBiosystems.ab1格式。
4、打印出色譜圖，在其中包括放縮或合適一頁的選擇項。
5、全自動刪掉低品質序列（當品質數據信息可以用時）或矢量素材序列。
6、以純文字，FASTA，FASTQ，EMBL，GenBank或？？GCG格式導出來序列，或應用基本上序號格式化以開展演試。
7、將序列以純文字，FASTA或FASTQ格式拷貝到剪貼板，以黏貼到別的應用軟件中。
8、翻轉和填補序列和色譜圖。
9、根據精準配對或最好兩端對齊檢索子序列。
10、表明3幀中的漢語翻譯及其序列。
11、拷貝色譜圖一部分的圖象以黏貼到文本文檔或幻燈片中。
12、批處理命令，包含格式變換，帶矢量素材刪掉的序列導出來，批量打印和原始記錄的批量導出。
13、應用NucleicsPtyLtd的PeakTraceRP部件提高.ab1文檔，以提升最高值易讀性并獲取大量高品質的基本。