UCSF Chimera分子模擬軟件

UCSF Chimera是一款專業(yè)的分子模擬軟件，軟件內(nèi)置了豐富實用的分析工具模塊，可以用于分析密度圖、超分子組件、構(gòu)象整體、軌跡、對接結(jié)果和序列比對等操作，被廣泛用于分子結(jié)構(gòu)和相關(guān)數(shù)據(jù)的交互可視化分析，支持生成圖像和動畫！

UCSF Chimera軟件特色

1、UCSF Chimera官方版提供了一組有用的特性和清晰的界面。

2、在第一次啟動應(yīng)用程序時，你會遇到一個幾乎太簡單的主窗口，它只不過是一個可視化面板和一個緊湊的菜單欄，不像通常使用廣泛工具欄的其他分子分析工具。

3、因此，UCSF嵌合體犧牲了一點實用性，以便為分子分析提供一種無干擾的環(huán)境。它還有一個龐大的文檔部分，你應(yīng)該花一些時間來閱讀，因為它可以幫助你縮短學(xué)習(xí)時間的一半。

4、附帶了一套廣泛的可視化和分析工具

5當(dāng)談到特性時，公用事業(yè)提供的東西比你想象的要多。首先，你應(yīng)該知道它可以產(chǎn)生高質(zhì)量的圖像和動畫。它還附帶了一個序列查看器，它實際上使您可以查找、查看和編輯序列比對。

6、沒有過分復(fù)雜的事情，應(yīng)該提到的工具來支持交互式陰影，變形，Ramachandran圖和爆破蛋白。

7、分子分析的有力工具

8、您還應(yīng)該知道UCSF Cimeta使您能夠改變背景，即您可以將圖形窗口更改為單個顏色、多個顏色的垂直漸變，甚至從計算機加載圖像。

9、該實用工具帶有一個流線型的界面，一個龐大的文檔，教程和例子，可以幫助你馬上開始。底線，UCSF嵌合體是一個強大的應(yīng)用分子分析，包裝許多有用的特點，而不感到害怕。　

UCSF Chimera軟件功能

1、強大的軸、平面和質(zhì)心功能，軸可以表示為圓柱體，平面表示為圓盤，質(zhì)心表示為球體，這些都可以用于距離和角度測量。

2、體積數(shù)據(jù)：可以顯示三維電子和光學(xué)顯微鏡數(shù)據(jù)、x射線密度圖、靜電勢和其他體積數(shù)據(jù)。

3、b因子著色：可以對結(jié)構(gòu)著色以顯示屬性值

4、篩選分子對接

5、通過保護著色

6、卷平面顯示

7、旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體

使用教程

1、通過點擊或雙擊嵌合體圖標(biāo)（取決于它的位置）來啟動嵌合體。通常，這個圖標(biāo)將出現(xiàn)在桌面上。Cimela可執(zhí)行文件也可以從其安裝位置運行。

2、將出現(xiàn)一個飛濺屏幕，在幾秒鐘內(nèi)由包含圖形顯示或最近使用的文件的快速訪問列表的主嵌合體窗口替換（這并不重要，因為打開一個結(jié)構(gòu)將自動將顯示器切換到圖形窗口）。如果你喜歡，通過點擊并拖動右下角來放大窗口。窗口也可以通過點擊它的頂部欄和拖動來移動。

3、打開結(jié)構(gòu)

4、現(xiàn)在打開一個結(jié)構(gòu)。從菜單中選擇文件ID ID獲取，并將1ZIK作為結(jié)構(gòu)的ID從PDB中取出。該結(jié)構(gòu)將出現(xiàn)在圖形窗口中，它是由兩個肽形成的亮氨酸拉鏈。

5、默認(rèn)的初始顯示是色帶。也顯示原子：

6、這顯示了結(jié)構(gòu)中的所有原子和鍵，除了肽鏈中的那些被絲帶顯示抑制。下面討論如何顯示用于顯示、著色等結(jié)構(gòu)的特定部分。最初，雜原子（碳以外的原子）由元素組成：氧原子、氮原子、藍色等。碳保持模型顏色，在這種情況下是棕褐色。

7、隱藏緞帶，露出骨架原子，然后再次展示緞帶